Seit 1994 war die Schauspielerin mit dem irischen Darsteller, Regisseur und William Shakespeare-Kenner Kenneth Branagh liiert und trat in mehreren seiner Filme auf. Ihre Beziehung endete Ende der 1990er Jahre, was sich als sehr guter Zeitpunkt für Bonham Carter herausstellte. In "Planet der Affen" hatte sie zwar eine erotische Beziehung zu ihrem Filmpartner Mark Wahlberg, verliebte sich aber in der Realität in keinen geringeren als Regisseur Tim Burton. Ihre Flirtversuche waren von Erfolg gekrönt. Seit den Dreharbeiten sind die beiden ein Paar. Ihre Verkörperung von Affenlady Ari gehörte zu Helenas bisher größten schauspielerischen Herausforderungen. Täglich musste sie vor den Dreharbeiten vier Stunden in die Maske. "Während ich auf dem Stuhl saß, habe ich versucht, mich möglichst gar nicht zu bewegen. Ich wollte das Make-up auf keinen Fall ruinieren, denn das hätte sonst nur bedeutet, dass ich länger dort sitzen bleiben müsste", sagte sie in einem Interview mit der britischen Internetseite tiscali.co.uk. Die einzige Gewohnheit, der sie in dieser Zeit treu geblieben ist, war das Rauchen. "Daran erkennt man einen Süchtigen", scherzt sie im Gespräch.

Schon vor den Dreharbeiten wurde Helena von Burton zum zweiten Mal schwanger. Der glückliche Umstand war für die Dreharbeiten jedoch nicht so vorteilhaft. Lachend erzählt sie über ihre sich stetig verändernden Körperformen. "Die Kostümbildnerin wusste sofort, was mit mir los war, da ich plötzlich größere Brüste bekam", verrät die 41-Jährige im Januar 2008 in einem Gespräch mit dem britischen Magazin Mirror. Zudem litt sie unter morgendlicher Übelkeit. "Wegen all der Körperteile und dem vielen Blut am Filmset wurde mir immer öfter übel." Auch machte sie sich Sorgen, wie das ungeborene Baby diese Umgebung aufnehme würde, denn Helena ist überzeugt, dass die Umgebung die Persönlichkeitsentwicklung des Babys beeinflusse. "Ich erwartete, dass das Baby mit Rasierklingen in den Händen geboren wird." Doch alles ist gut gegangen. Das Mädchen kam am 15. Dezember 2007 gesund zur Welt. Bisher war die Kollaboration Bonham Carter/Burton also ein voller Erfolg, auf beruflicher, wie auch auf privater Ebene.