Die liberale Erziehung ist ein Grund für Bernals Eigenständigkeit. Als Schauspieler und als Mensch geht er eigene Wege. Nach dem Erfolg von "Amores perros" kann er sich vor Angeboten kaum retten. Trotzdem sucht er sich meist die Nische des Independent-Films. Es folgen in kurzer Folge Rollen in herausragenden Autorenfilmen. Mit Alfonso Cuarón dreht er "Y tu mamá también - Lust for Life!" (2001), steht unter der Regie von Walter Salles in "Die Reise des jungen Che" (2003), arbeitet mit Pedro Almodóvar an "La mala educación - Schlechte Erziehung" (2004) und mit Michel Gondry an "Science of Sleep ? Anleitung zum Träumen" (2005). Es gelingt ihm, sich der Versuchung Hollywoods weitgehend zu entziehen. Ironisch äußert er einmal, dass er der Traumfabrik am nächsten gewesen sei, als er für Iñárritus "Babel" (2006) im mexikanischen Tijuana gedreht habe.

Bernal bewahrt sich als Schauspieler seine Integrität. Nur in solchen Filmen möchte er mitspielen, sagt er einmal, die eine persönliche Weltsicht erkennen lassen und Rollen verkörpern, die ihn interessieren und fesseln. Das mag auch der Grund dafür sein, dass er auch Rollen annimmt, die anecken und die Gemüter erregen. Als er 2002 in "Die Versuchung des Padre Amaro" (2002) mitspielt, provoziert seine Darstellung eines Priesters, der nicht bereit ist, seine Karriere der Liebe zu opfern, in Mexiko einen Skandal. Gewagt ist auch sein Auftritt in der britisch-amerikanischen Independent-Produktion "The King oder Das 11. Gebot" von James Marsh. Darin spielt er einen aus der Navy entlassenen jungen Soldaten, der sich auf die Suche nach seinem Vater begibt, dessen Tochter verführt und nach einem blutigen Massaker auf dem elektrischen Stuhl endet. Mehreren amerikanischen Schauspielern wird die Rolle angeboten, alle lehnen wegen des moralisch fragwürdigen Charakters der Hauptfigur dankend ab. Bernal sagt zu, weil solche Bedenken nicht in sein Filmverständnis passen.

Der politische Aktionismus bleibt keine Eintagsfliege und ist nicht Folge jugendlich-idealistischen Übermuts. Auch wenn die zitierten Aussagen nicht verhehlen, dass viele junge Menschen, und sicher auch Bernal, mit den Tumulten auch der Abenteuerlust frönen und romantische Vorstellungen damit verbinden. "Ich war jung und es machte Spaß", so Bernal in demselben Interview. "Außerdem habe ich hier meine erste richtige Freundin kennengelernt. Es war ein toller Ort, um Mädchen kennenzulernen".

Trotzdem bestimmt das politische und soziale Engagement nach wie vor Denken und Handeln des Künstlers und Menschen Bernal. So nimmt er 2008 am Protest gegen den G8-Gipfel in Edinburgh teil, reist zum WTO-Gipfel nach Hongkong, interessiert sich für die Auswirkungen des freien Handels auf die mexikanischen Mais- und Kaffebauern. Zudem ist Bernal seit 2005 Botschafter der Entwicklungshilfsorganisation Oxfam, wobei er sich besonders aktiv an deren Kampagne für fairen Handel engagiert.