Neben Titel, Thema sowie Stefan Ruzowitzky, der wiederum das Drehbuch schrieb und Regie führte, gibt es wenig Gemeinsamkeiten zum ersten Teil. Es handelt sich eigentlich nicht um eine klassische Fortsetzung. Weder wurden Franka Potente und Benno Fürmann für die Hauptrollen verpflichtet, noch knüpft die Handlung an den ersten Teils an. Schließlich wurde auch der Ort der Handlung von Heidelberg nach Berlin versetzt. Immerhin wurden mit den "Antihippokraten" auf bewährte Fieslinge zurückgegriffen.

Jo (Barnaby Metschurat) stürzt sich voller Ideale und Ergeiz in sein Praktikum an einer Berliner Klinik. Der junge Arzt möchte unbedingt ins Team des innovativen Professors Müller-LaRousse (Herbert Knaup), da dieser an einem spektakulären Forschungsprojekt arbeitet. Mit Hilfe dieser Forschung könnte Jo - so sein Traum - seinem an Muskelschwund leidenden Bruder helfen. Jo schafft es bald in den innersten Zirkel des Forschungsteam. Er beschäftigt sich mit seinen ambitionierten Kollegen Viktoria (Heike Makatsch), Sven (Frank Giering) und Hagen (Roman Knizka) an der Entwicklung künstlicher Muskelstränge. Um der zeitraubenden und beschränkenden Aufsicht medizinischer Kontrollgremien zu entgehen, lassen sich die jungen Ärzte auf Selbstversuche ein. Zu spät erkennt Joe, dass Müller-LaRousse einer Geheimloge, den Antihippokraten, angehört. Das Projekt hat bereits einige Opfer gekostet und die kriminellen Mediziner der Loge lassen sich von keinerlei Skrupeln aufhalten.