In John Fords Verfilmung von John Steinbeck "Früchte des Zorns" ist Fonda 1940 als rebellischer Farmarbeiter Tom Joad zu sehen. Die Rolle bringt ihm den Durchbruch als Filmschauspieler und zugleich seine erste Oscar-Nominierung als bester Hauptdarsteller ein. Es folgen Auftritte in Western-Klassikern wie "Ritt zum Ox-Bow", "Faustrecht der Prärie" oder "Bis zum letzten Mann".

Mitte der 1950er Jahre arbeitet Fonda mit Regielegende Alfred Hitchcock zusammen. Der inszeniert mit Fonda "Der falsche Mann". Ein Jahr später spielt er unter der Regie von Sidney Lumet in dem mittlerweile zu den Filmklassikern gehörigen Gerichtsdrama "Die Zwölf Geschworenen". Zumeist verkörpert Fonda den moralisch integren Moralisten, der uneingeschränkt der Gerechtigkeit unterworfen ist. Erst mit Hilfe von Sergio Leone schafft er 1968 den Bruch mit dem lang gepflegten, etwas langweiligen Image. Als eiskalter Auftragskiller in "Spiel mir das Lied vom Tod" kann Fonda Kritik wie Publikum überzeugen und trägt seinen Teil zum Erfolg des Ausnahmewesterns bei. Der Frontwechsel tut Fonda gut, weil es eine weitere Facette seiner Schauspielkunst an die Oberfläche bringt.

Von 1931 bis 1933 ist Fonda mit der US-Schauspielerin Margaret Sullavan verheiratet. 1936 tritt er mit Frances Seymour Brokaw vor den Traualtar, mit der er zwei Kinder bekommt. Jane und Peter Fonda werden ihrerseits zu Hollywoodstars. Nach dem Selbstmord seiner Frau traut sich Henry im Jahr 1950 erneut und ehelicht Susan Blanchard. Sie adoptieren Tochter Amy, lassen sich jedoch nach gerade drei Jahren wieder scheiden.

Aller guten Dinge sind vier und aus diesem Grund tritt er 1957 mit der italienischen Gräfin Afdera Franchetti in den heiligen Bund der Ehe ein. Jedoch währt auch dieses Glück nur vier Jahre, bevor er kurz danach mit Shirlee Mae Adams endlich die Ehefrau findet, mit der er bis zu seinem Tod zusammen bleiben wird. Fondas Beziehung zu seinen Kindern Jane und Peter gilt als weitestgehend emotionslos. Sein Sohn wird später sagen, dass er sich zeitlebens im Unklaren darüber war, was sein Vater für ihn empfand.